房地产估价中遇到土地和房屋登记用途不一致的情况是较为常见的问题，如设定不当，可能给估价工作带来风险隐患，技术上建议房地产估价师了解土地用途、房屋用途、实际用途三者的关系，判断不一致的可能性，从房地产历史沿革、原始资料、管理部门调查后进行判断或与委托方协商进行约定。